rOCTISO/TS 13136—2016
Приложение E
(справочное)
Праймеры и зонды для ПЦР-анализа
Описанный протокол ПЦР в режиме реального времени основан на использовании следующих праймеров
и зондов, которые должны рассматриваться в качестве контрольных реактивов. Тем не менее, другие методы,
включающие использование различных праймеров и зондов, могут быть использованы при условии, что они были
признаны эквивалентными тем, которые указаны в таблицах Е.1 и Е.2 в соответствии с [17].
Е.1 Праймеры и зонды
Последовательности праймеров и зондов, представленные в таблицах Е.1 и Е.2, используют для:
- выявления генов
stx
и еае с помощью ПЦР в режиме реального времени (ПЦР А);
- выявления генов, которые содержат определенные серогруппы, с помощью ПЦР в режиме реального вре
мени (ПЦР Б).
В таблицах Е.1 и Е.2 не указаны вид репортера и вид флуорофора, так как это во многом зависит от обору
дования для ПЦР в режиме реального времени, используемого в каждой конкретной лаборатории.
Т а б л и ц а Е.1 — Праймеры и зонды, используемые для 5’-нуклеазой ПЦР
Целевой
ген
Прямой праймер, обратный праймер и последовательность
зондов (5‘—З’)а
Размер
ампликока
bp
Локализа
ция в геноме
Порядковый
номер в базе
GenBenk
ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY ТТА CG
878-906
stx
1
{3]
ССС CAG ТТС ARW GTR AGR ТСМ ACR ТС
131
983-1008
М16625
Зонд — CTG GAT GAT СТС AGT GGG CGT ТСТ TAT GTAA
941-971
sfx2b
13]
ТТТ GTY ACT GTS АСА GCW GAA GCY TTACG
785-813
CCC CAG TTC ARW GTR AGR TCM ACR TC
128
887-912
Х07865
Зонд — TCG TCA GGC ACT GTC TGA AAC TGC TCC
838-864
еае
12]
CAT TGA TCA GGA TTT TTC TGG TGA ТА
899-924
CTC ATG CGG AAA TAG CCG TTA
102
1000-979
Z11541
Зонд — АТАGTC TCG CCA GTATTC GCC ACC AATACC
966-936
а В последовательности Y — (С, Т), S
—
(С. G). W — (А. Т). R — (A. G). M
—
(A. C).
ь Это сочетание праймер/зонд распознает все варианты sfx2. кроме
stx2f.
Т а б ли ц а Е.2 — Праймеры и зонды используемые для усиления антиген-специфических генов при проведении
ПЦР-анапиза с использованием 5’-нуклеазы
Целевой ген
{серогруппы}
Прямой праймер, обратный праймер и последовательность
зондов (б’—З^
Размер
амппикоиа
bp
Локали
зация в
геноме
Порядковый
номер в базе
GenBank
г1ЪЕ
(0157)
[3]
ТТТ САС ACT TAT TGG ATG GTC TCAA
348-372
CGA TGA GTT TAT CTG CAA GGT GAT
88
412-435
AF163329
Зонд — AGG ACC GCA GAG GAAAGA GAG GAA TTAAGG
381-410
wbdt
(О Ш )
[31
CGA GGC AAC АСА TTA TAT AGT GCT TT
3464-3489
TTT TTG AAT AGT TAT GAA CAT CTT GTT TAGC
146
3579-3609
AF078736
Зонд
—
TTG AAT CTC CCA GAT GAT CAA CAT CGT GAA
3519-3548
17